长江流域极危物种“鳤”高质量染色体水平基因组首次发布

IT之家12月26日消息，九江市农业科学院于12月24日发布博文，宣布以第一署名单位联合中山大学、江西省瑞昌长江四大家鱼原种场，首次完成并发布长江流域极危物种“鳤（IT之家备注读音：guǎn）”高质量染色体水平基因组。

鳤曾是我国重要的淡水经济鱼类，广泛分布于长江流域，然而，由于环境恶化和人类活动的影响，数量急剧下降，在《中国脊椎动物红色名录》和《中国生物多样性红色名录 — 脊椎动物卷》中均被列为极危（CR），2020年12月在长江公安江段监测到了7尾鳤，是近年野外调查发现最多的一次，迫切需要对其开展保护。

鳤基因组信息的缺乏是保护工作的重大障碍之一，为进一步挖掘其种质资源特征，团队成员利用PacBio和Hi-C测序数据组装了鳤染色体级别的基因组，大小为883.1Mb，包含24条假染色体，Scaffold N50长度为35.1Mb，配合转录组测序数据预测了28674个蛋白质编码基因，并已将组装和注释数据公布到GenBank和Figshare数据库。

论文共同通讯作者卢建国表示：“鳤基因组信息的首次发布对于理解遗传多样性、识别独特适应性以及制定有效的保护策略至关重要”。

IT之家附上参考地址

• A chromosome-level genome assembly of critically endangered Ochetobius elongatus

• 长江流域极危物种-鳤高质量染色体水平基因组首次组装完成并发布

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